Podatnik, który dokonuje czynności WDT jest zobowiązany do gromadzenia i przedstawienia dowodów potwierdzających fakt przemieszczenia towarów do innego państwa członkowskiego.
Możliwość opodatkowania transakcji WDT stawką VAT 0% jest uzależniona od wielu obowiązków formalnych. Oprócz informacji oczywistych, jak nazwa, adres i potwierdzony NIP EU odbiorcy należy gromadzić dokumentację potwierdzającą dokonanie WDT. Dowody są wymienione w art. 42 ustawy o VAT. Zamieszczony tam tzw. katalog dokumentów pomocniczych ma charakter otwarty, tzn. podatnik może potwierdzić fakt WDT innymi dokumentami niż wymienione w art. 42 ust. 3-5 ustawy o VAT. Warto zatem gromadzić wszystkie dokumenty związane z WDT. Zależnie od modelu biznesowego przedsiębiorcy oraz od rodzaju transakcji mogą to być m.in. korespondencja e-mail z klientem, rachunki za paliwo, umowa z przewoźnikiem, polisa ubezpieczeniowa na fracht, dane o zapłacie. Ocena wiarygodności przedstawianych dokumentów należy do organów administracji państwowej, przy czym, jak stanowi art. 180 par. 1 Ordynacji podatkowej, jako dowód należy dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem.